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Segundo o governo paulista, o estado aplicou R$ 79,3 milhões nas obras do novo hospital, e R$ 12 milhões foram revertidos para a compra de equipamentos e mobiliário. O Instituto Perdizes entra em funcionamento de modo gradual e, em plena capacidade, poderá realizar anualmente mais de 2,2 mil internações, mais de 5 mil atendimentos em regime de hospital-dia e mais de 16 mil consultas médicas ambulatoriais. A unidade oferecerá ainda os demais atendimentos multiprofissionais, como psicologia, fisioterapia, fonoaudiologia e assistência social, entre outros.
Com área de 23 mil metros quadrados (m²), o edifício abriga centro de tratamento de doenças relacionadas ao uso de álcool e drogas, unidade de hospital-dia, 80 leitos de internação, ambulatórios médicos e multiprofissionais, ginásio de fisioterapia e atividades físicas e espaços de convivência e reuniões terapêuticas, com estrutura para que o paciente referenciado tenha assistência integral no tratamento à dependência química, com base nos protocolos adotados pelo Instituto de Psiquiatria do Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo (USP), que é referência na especialidade.
O local dispõe também de uma unidade de internação de transição de cuidados de pacientes em diversas especialidades, com 120 leitos para assistência integral a casos agudos não críticos, possibilitando melhor rotatividade dos leitos de internação dos demais institutos do complexo hospitalar. Esse bloco será equipado com tomógrafo computadorizado, raio-x digital e ultrassonógrafo, além de posto de coleta para exames de análises clínicas que atenderá todo o complexo.